Кафедра инженерной экономики была создана в 2013 г. Приказом ректора Южного федерального университета Боровской М.А. № 28-ОД от 31.01.2013 г. «О создании кафедры инженерной экономики» путем структурных преобразований кафедры экономики, которая ведет свою историю с 1958 г. с кафедры Политэкономии.
Кафедру возглавляет доктор экономических наук, доцент, член постоянно действующего диссертационного совета по научным специальностям 5.2.3. Региональная и отраслевая экономика: экономика промышленности (экономические науки), 5.2.3. Региональная и отраслевая экономика: экономика народонаселения и экономика труда (экономические науки) Макареня Татьяна Анатольевна.