В начале 2013 года в связи с ростом научного потенциала сотрудников кафедры Экономики и развитием новых научных направлений руководством Южного федерального университета было принято решение о разделении кафедры Экономики факультета управления в экономических и социальных системах на три специализированные кафедры: Кафедра инженерной экономики, Кафедра Экономики предприятия и Кафедра Инноватики и экономического проектирования.
Приказом ректора Южного федерального университета Боровской М.А. № 28-ОД от 31.01.2013 г. «О создании кафедры инженерной экономики» был дан новый старт развития инженерной экономики в Южном федеральном университете. Кафедру возглавила доктор экономических наук, доцент Макареня Татьяна Анатольевна.